آبی‌های پایتخت در سال ۹۹ با اتفاقات جالبی از جمله تغییر مدیرعامل، سرمربی و محرومیت از پنجره نقل و انتقالاتی مواجه شدند و با تغییرات زیادی دست و پنجه نرم کردند.
تیم فوتبال استقلال، سال ۹۹ برای استقلال سالی پر از اتفاقات تلخ و شیرین بود. اتفاقاتی که شاید پیش‌بینی‌اش برای هواداران استقلال سخت بود اما با وجود همه این مسائل، استقلال در این سال با تغییرات زیادی روبه‌رو شد و از مدیریت تا کادرفنی اتفاقات عجیبی حول آبی‌پوشان پایتخت را فرا گرفت.
اولین تغییر این تیم به ۱۱ فروردین این سال برمی‌گردد. روزی که بعد از مدت‌ها بلاتکلیفی مدیریتی احمد سعادتمد با اعلام رسمی وزارت ورزش و جوانان به عنوان مدیرعامل استقلال منصوب شد.
یکی از مسائل حضور سعادتمند در استقلال، برخورد نامطلوب، فرهاد مجیدی سرمربی وقت استقلال با سعادتمند بود. مجیدی بعد از مدیرعامل شدن سعادتمند، حدود دو هفته بود که به با سعادتمند دیداری نداشت و این مساله باعث شد زمزمه‌های اختلافاتی بین این دو نفر به وجود بیاید اما بعد از این مدت مجیدی و سعادتمند به دیدار یکدیگر رفتند تا بر حاشیه‌ها پایان دهند.
با این حال استقلال در این مدت با کرونا دست و پنجه نرم کرد و با مدیریت جدید کار خود را جلو برد. آبی‌پوشان در این مدت توانستند عملکرد نسبتا خوبی با مجیدی در رقابت‌های لیگ برتر داشته باشند و با ۴ پیروزی و ۵ تساوی موفق شد در رده دوم جدول رقابت‌های لیگ برتر قرار بگیرد.
تا اینجای کار شرایط برای استقلال به نسبت آرام پیش رفته بود. البته در این بین پنجره نقل و انتقالات استقلال به خاطر مطالبات شفر، باشگاه پاختاکور و سرور جبارف بسته شده بود و این مساله کار برای آبی‌پوشان سخت کرده بود اما شرایط تیم به نسبت روزهای گذشته، بهتر پیش رفته بود اما سفر سعادتمند به ایتالیا برای مذاکره با استراماچونی، آغاز رسمی اختلافات مجیدی و سعادتمند بود.
این مساله باعث شد که مجیدی ادعا کند که سفر ایتالیا سعادتمند به خاطر مذاکره برای بازگشت به استراماچونی بوده است و کار به استعفای مجیدی نیز کشیده شد. این اتفاق در حالی رخ داده بود استقلال در رقابت‌های جام حذفی سپاهان را در یک چهارم نهایی شکست داده بود و مقابل پرسپولیس در داربی پایتخت در این رقابت‌های در ضربات پنالتی پیروز میدان شده بود و به فینال جام حذفی رسیده بود. با این وجود پس از کش و قوس‌های فراوان با وساطت کاپیتان و مربی استقلال، مجیدی به جمع آبی‌پوشان بازگشت اما در پایان بعد از شکست در فینال جام حذفی مجیدی از جمع استقلال جدا شد.
بعد از مجیدی، مجید نامجو مطلق به عنوان سرمربی موقت آبی‌ها معرفی شد. او تیم را در رقابت‌های لیگ قهرمانان آسیا هدایت کرد و موفق شد تیم را به مرحله یک هشتم نهایی لیگ قهرمانان آسیا برساند اما تیم در این مرحله مقابل پاختاکور ازبکستان شکست خورد و نامجو مطلق هم از جمع آبی‌ها جدا شد.
پس از آن سعادتمند قول بازگشت استراماچونی را به استقلال داد و حتی تاکید کرد که مذاکرات خوبی برای بازگشت صورت گرفته است اما در نهایت این مربی راضی به بازگشت نشد و سعادتمند گزینه بعدی خود یعنی الکس نوری را برای هدایت استقلال مطرح کرد که بعد از آن هیات مدیره تصمیم گرفتند تا سعادتمند را بر کنار کنند. هیات مدیره در تاریخ ۹ مهر با ذکر ۸ دلیل، رسما سعادتمند را از مدیرعاملی استقلال برکنار کردند تا پرونده حضور الکس نوری هم در استقلال بسته شود.
با این وجود شرایط استقلال در بدترین حالت خود قرار گرفته بود. تیم نه مدیرعاملی نداشت و نه کسی سرمربی این تیم بود. در این کش و قوس احمد مددی که معاون ورزشی باشگاه بود به عنوان سرپرست باشگاه منصوب شد و در ادامه با تصمیم هیات مدیره و با یک شرایط خاص به عنوان مدیرعامل استقلال معرفی شد.
مددی در شروع دوره حضور خود، با مشکلات بسته شدن پنجره نقل و انتقالات مواجه بود و با همکاری اعضای هیات مدیره موفق شد پیش از پایان نقل و انتقالات پنجره نقل و انتقالات باز شود و قرارداد بازیکنان جدید ثبت شود. استقلال در نقل و انقالات زمستانی باز هم پنجره‌اش به خاطر مطالبات بودروف بسته شد اما در روزهای پایانی سال، این مشکل نیز برطرف شد و با پرداخت مطالبات بودروف، باشگاه موفق شد این مشکل را برطرف کند.
بعد از تعیین شدن چارچوب مدیریت باشگاه، این بار مشخص شدن کادر فنی اولویت بعدی باشگاه بود و پس از بررسی چند گزینه، باشگاه در تاریخ ۱۶ مهر، محمود فکری را به عنوان سرمربی جدید استقلال معرفی کرد. ابتدای حضور فکری در باشگاه استقلال با حمایت هواداران استقلال مواجه شد اما نتیجه نگرفتن استقلال و ضعف این تیم در حوزه فنی، باعث شد تا اعتراضات زیادی از سوی هواداران صورت بگیرد و بسیار از هواداران استقلال خواهان جدایی فکری از استقلال شوند.
استقلال در ۱۶ هفته‌ای که فکری سرمربی استقلال بود، توانست با ۲۷ امتیاز و میانگین امتیازی ۱/۶ در رده سوم جدول رقابت‌های لیگ برتر قرار بگیرد. استقلال در مدت سرمربی‌گری فکری موفق شد ۱۹ گل به ثمر برساند (میانگین ۱/۱۸ گل در هر بازی) و ۱۲ گل دریافت کرد (میانگین ۰/۷۵ گل در هر بازی).
فکری با وجود شروع خوب در استقلال، نتوانست این روند را ادامه دهد و در ۵ بازی آخر استقلال، این تیم تنها یک پیروزی کسب کرد.
پس از محمود فکری زمزمه‌های بازگشت فرهاد مجیدی به گوش رسید. باشگاه استقلال با افراد شاخصی همچون جواد نکونام، امیرقلعه‌نویی و ساکت الهامی مذاکره کرد اما در نهایت فرهاد مجیدی دوباره به استقلال بازگشت و این بازگشت با استقبال شدید هواداران استقلال روبرو شد.
مجیدی تا پایان سال ۹۹، ۳ بازی برای نشان دادن عملکرد خود فرصت داشت. استقلال در رقابت‌های لیگ برتر دو بازی مقابل فولاد خوزستان و ماشین‌سازی داشت که در این بازی‌ها به پیروزی رسید و همچنین در جام حذفی مقابل پیکان پیروز شد و به مرحله یک هشتم نهایی این مسابقات صعود کرد.
با کارنامه‌ای که مجیدی از خودش در این فرصت کوتاه نشان داد، به نظر می‌رسد می‌تواند روزهای خوبی در انتظار آبی‌پوشان پایتخت باشد و باید دید این رفت و برگشت فرهاد مجیدی در استقلال در سال ۱۴۰۰ چه نتیجه‌ای به دنبال خواهد داشت.